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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿体系最先见的消化道疾病之六。肾聚集中CaOx尖晶石过饱和沉积状会导至肾小管神经元板材损害和凋亡,最后导至肾结石的达成。短链油脂酸由消化道内活性污泥细菌和病毒发孝营养膳食人造纤维形成,不仅仅在布局消化道深层中切实树立效果,同时在体系关卡上也切实树立主要效果。之中,丁酸是最极为丰富的短链油脂酸,具消除炎症和天然免疫减缓效果,本研究方案浅析丁酸对CaOx肾结石的效果举例说明存在靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山青岛硕士整形医院医院泌尿五官科吴忠院士、周子健硕士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠副教授、周子健搏士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱微生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网咯临床药理学安全服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

内容英文名称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 潜在客户机关单位:华山醫院 研究方案相亲对象:大鼠、HK-2神经细胞 组群信心:较组(Con)、模型工具组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱打造技巧:系统临床药理学在线检测

思绪操作流程图

研发的结果

学习工作人员率先创设大鼠模形,确认女性生理生化模式指标图和策划 病症学染色的等学习的方法遇到丁酸能否极大减少CaOx模形大鼠肾CaOx硫化锌的导致和挫裂伤,减少CaOx模形大鼠的炎症病变挫裂伤和硫化杂质的过头把你想表达出来。还有,丁酸还可抑制作用草酸引诱的HK-2上皮癌细胞挫裂伤、硫化应激状态和上皮癌细胞凋亡。 为与探讨丁酸组成和靶什么是染色体遗传系统,了解技术人员从PubChem修改丁酸和丁酸酯的二维和二维组成(图1A)。采用PharmMapper动态数据报告文件库和Uniprot动态数据报告文件库治疗后共建立出114个丁酸靶什么是染色体遗传供进这一步了解。将什么是染色体遗传文件列表倒入STRING动态数据报告文件库,使用PPI系统了解。Cytoscape提出了去重复的前20的联络线靶什么是染色体遗传的相信系统图,也包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。许多联络线什么是染色体遗传与系统中的某个什么是染色体遗传均现象出固定的对应性,反映许多什么是染色体遗传机会引领着协作实用功能。GO和KEGG了解阐明了丁酸联络线什么是染色体遗传的对应前提条件和微分子生物技术学实用功能(图1C)。联络线什么是染色体遗传重点是与类固醇缴素类回应、钝化应激体现性回应、渗透性氧细胞系对类固醇缴素类激励的发应以其对呈酸性物理化学产物的发应相关的。上面指出,许多联络线什么是染色体遗传重点是参与的了钝化应激体现性和对渗透性氧的微生物技术发应流程,是肾结石型成机能中至关为重点的前提条件,这阐明丁酸机会在肾结石中引领为重点实用功能。

图1| 丁酸框架与靶基因遗传系统深入分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进十步思考丁酸对CaOx肾结石实际上切靶DNA组,理论科学实验概述概述人群使用GEO数据文件文件库对GSE73680中更健康较与CaOx肾结石爱美者的DNA组不同之处来了理论科学实验概述概述。较组与CaOx结石爱美者的可观性不同之处表现DNA组(DEGs)肿瘤筛查规定为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共选择到3783个DNA组开始可观发展,这当中3379个(89.4%)DNA组表现上涨,404个(10.6%)DNA组表现下降(图2A)。对DEGs来聚类分析算法概述,热图表示了前10个被选中DEGs的二维层次结构聚类分析算法特性(图2B)。之后,理论科学实验概述概述人群用GeneCards数据文件文件库人工工资鉴定结论了370个机会与CaOx肾结石有关系的DNA组,排行榜前20位的预測DNA组试述有关系性打分如下图如下图所示2C如下图所示。关键所在在于达到丁酸改善CaOx肾结石的关键所在靶点,理论科学实验概述概述人群将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石有关系DNA组净化处理达到打了个个Venn图。不可能,CYP2C9被判断为丁酸影晌CaOx肾结石的因素靶点(图2D)。除此以外,理论科学实验概述概述人群还来了丁酸与CYP2C9的原子核嫁接,CYP2C9的这几个酪氨酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸共同反应,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在采用电脑网络药剂学学分折CYP2C9是丁酸反应CaOx肾结石的靶dna后,探析技术人员还按照生殖生殖细胞研究查证了CYP2C9可拉低草酸引发的HK-2生殖生殖细胞的ROS品质、宫颈炎症问题和凋亡。

图2| 大多数据库合力概述分析CYP2C9是丁酸功效于CaOx肾结石的靶染色体

科研后果

本科研应先显示丁酸在离体和机体均能阻止CaOx肾结石对模型的阳极氧化的应激状态状态和真菌感染板材损害,紧接着按照网药学学建立能够 丁酸决定CaOx肾结石的未知靶点——CYP2C9,第三按照组织实验设计证明CYP2C9在草酸盐引导的HK-2组织ROS水准、真菌感染板材损害和凋亡。那些显示表面丁酸可以按照阻止CYP2C9来阻止CaOx肾结石的阳极氧化的应激状态状态,减少真菌感染板材损害。某些时候中拜谱生态学带来了网药学学技木功能,前者拜谱生态学可挺高成孰更加完善的什么是基因组学、血清质组学、新陈代谢组学等几组学品牌及技木功能,的欢迎咨讯咨讯! 选取文献资料:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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