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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已凸显出广泛应用的菌物亲水性，例如抗肉瘤和身体毒效果。通畅，三萜是确认甲羟戊酸手段制作而成的，并从天然冰草本花卉和念珠菌中抽取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上提出了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研发论文提纲。该研发看到三萜类类化合物野生灵芝粉酸（GA）是使用流体养成的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物被转化引发的。进行转录组和血清质组学技巧进第一步宇宙探索无柄虫草菌丝体中DHT引发两个虫草酸（GA）的考核机制，并基于几组学技巧论文检测到的地域差距DNA和地域差距血清，推断出DHT 怪物制作而成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能键分类管理

借助对无柄野生灵芝病菌菌丝体开展转录组测序共实现67230个转录本和14294个单表观遗传。在以上单表观遗传中，49俩被鉴别为距离表明表观遗传（DEGs），进来213个表明调涨，279个表明变动（图1A）。GO聚集分折后，DEGs分怪物流程（BP）、生殖癌细胞成份（CC）和原子功效（MF）3类。在BP专业种类中，产生了前四个子专业种类：抗生素类分离新陈分解转化流程，醋酸钠盐新陈分解转化流程和甲酸盐新陈分解转化流程;而在CC专业种类中，生殖癌细胞外区、突触分手后复合体、突触构成是前四个亚类。谈谈MF专业种类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶酶、氧化物呈现酶几丁质酶酶和酸氨（或酰胺）连结酶几丁质酶酶是前四个亚专业种类（图1B）。在DEGs的KEGG径路分折中，前30条聚集度极高的径路含有27条应属新陈分解转化，进来丁烷新陈分解转化、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈分解转化、丙酸盐新陈分解转化的信号径路可观聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和能力总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经过对无柄虫草病菌菌丝体来进行蛋清质组学一定量探讨，总计有断定了16,457种鲜明肽、2606种蛋清质和2588种一定量蛋清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰先决条件下，你不在2606种蛋清质中，94种被签定为一定的差异性描述蛋清（DEPs），在另外52种调整，42种调整（图2A），图2C显现了一定的差异性描述蛋清的聚类算法一定量探讨热图。从GO一定量探讨看，BP行业类型显现，大都数DEPs参与性冰醋酸盐基础分泌流程、抗菌素分离的基础分泌流程和药材分离的基础分泌流程。CC类DEPs在細胞外区、过腐蚀物酶体和微体中比重上限的，腐蚀重现酶催化几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）催化几丁质酶在MF类中DEPs的比率上限的（图2B）。与转录组结杲差不多，KEGG通道一定量探讨显现，大量DEPs在基础分泌中丰度，在另外3条最丰度的路径是光合海洋生物技术中的碳稳固、碳基础分泌和MAPK数据资料通道（图2D）。不仅而且，经过一定量探讨GO数据资料库的CC对DEPs来进行亚細胞标记一定量探讨和注脚（图2E），DEPs主要的是分布不均在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs海洋生物技术转化成的主要的是部位。

图2|氨基酸质组的定量定量分析定量分析和工作核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转化率和比组待选DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个之中的关系表述方法表观遗传（图3A）。对转录组和核淀粉酶组中E组和C组共出的DEGs/DEPs来进行聚类研究法研究，察觉到mRNA和核淀粉酶之中有19个上浮表观遗传和9个调低表观遗传，DEGs和其翻译工作的DEPs表述方法含量呈正有关于，系统设计Pearson的有关于数值研究，在转录组和核淀粉酶组之中测试到相较较高的有关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查重导致体现，E组和C组17个DEGs的把你想表达出来出关卡一定的差异可观，中间9个为上浮DEGs，俩个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达出来出发展与转录混合物析导致一致性。

图3|血清质组的定量阐述阐述和职能手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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