在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

设计数据

1、从光敏致力于组织中生成DNA化学交联血清质

为了能区分光化学热塑高球球核球核蛋白酶质酶质-DNA结合物用做LC-MS具体分析一下，著者建设好几回种转性纯化设计，可从DNA中祛除非是你化学热塑高球球核球核蛋白酶质酶质，仅在阳光照射时在随时dna组接触性含有DNA化学热塑高球球核球核蛋白酶质酶质。用TRIZOL分离出来印染质并祛除被抓获的非化学热塑高球球核球核蛋白酶质酶，随后将其已经消融以开展RNase吸收不好。在超音波剪接获得的高球球核球核蛋白酶质酶质化学热塑DNA的分离出来物，在硫氰酸胍中加热转性，并在二硫化硅离心法柱上的剧烈清洗以祛除非是你化学热塑高球球核球核蛋白酶质酶质早以达到。在核酸酶处理从DNA中缓解压力光化学热塑高球球核球核蛋白酶质酶，并开展胰高球球核球核蛋白酶质酶酶吸收不好用做LC-MS具体分析一下。该形式命名规则为高球球核球核蛋白酶质酶质化学热塑DNA分离出来或XDNAX。

图1.血清质交连DNA领取或XDNAX具体步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可间接排斥DNA的淀粉酶质图谱

将光热塑做法技术应用于MCF7神经元，发现了了1,805种获选蛋清，中间1,191种现实存在于3个或很多次反复中。60%的DNA完美影响组有点核酸根据的GO标注，在不足核酸根据标注的蛋清质中，最大化的贡献者产于核纤层蛋清，一方面是参与者染色剂质组织结构和神经元分化的蛋清质（图2）。

图2 . 可真接交往 DNA 的球营养素（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3个人小结了DNA主动之间功效组所潜在的球球核苷酸含量-DNA菜单栏简答还有的核苷酸化学交联肽。这还有是根据（1）球状DNA融合设备构造域、（2）DNA 融合无序性区（IDR）和（3）是根据与任何球球核苷酸含量（举例子组球球血清融合球球血清）、RNA（举例子剪接细胞）或相隔离区室（举例子核仁球球血清）主动之间功效而出现的环境相当。

图3 . 可单独使用 DNA的结构类型域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法组织细胞扰动期間与DNA整合的转录成分

雌的孕的激素感觉α（ESR1）驻带到胞质溶胶中，陪你到碰到其配体，捕获易位到細胞膜核，在哪点它与染色体组中的相应空间整合以促活相应的转录执行程序。将血清饥饿的MCF7細胞膜暴漏于高使用量雌的孕的激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟训练处理的比对細胞膜很他们的DNA间接用处组（图4A）。另外，雌的孕的激素热血后DNA间接用处组中的ESR1增强了30倍（图4B）。总的当今社会，在1,814个一定量的球脂肪酸-DNA间接用处中，约有9%表明出以上2倍的有明显變化，并洞察分析到与ESR1兼有间接用处的球蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌缴素正确处理乳线癌人体细胞 DNA 双方功效组的按量相比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结ppt

实验打开dna遗传组的核苷酸质以明白它是该如何被读取数据并付诸实行的，一直都是科技技木人员有一个经常性的追。dna遗传组可及性首要以DNA为中间的视角采取实验，当然，到近年来即可，染色法质抑菌凝胶中的哪个核苷酸质与DNA 造成物理性完美意义尚不知道。选用零远距离光化学交联，可会发现DNA完美意义组中的大部份数核苷酸质，XDNAX技木将作核苷酸质-DNA完美意义实验的強大辅助工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的高蛋白质组学、淡化组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

借鉴文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.